Nel programmare l’azione educativa, i suoi tempi e le sue modalità, è opportuno considerare prima la storia del Seminario minore di Padova e il significato che esso è venuto assumendo nella pastorale vocazionale della nostra chiesa locale.

1. nella lettera per la giornata del seminario del 1998, il vescovo Antonio Mattiazzo scriveva così:
“la pastores dabo vobis propone probanti motivazioni per affermare la validità del Seminario Minore. La vocazione sacerdotale infatti” – rileva il papa – “ha il suo primo momento di manifestazione spesso negli anni della preadolescenza e nei primissimi anni della gioventù” ed è, pertanto, doveroso che la Chiesa accolga questi “germi di vocazione seminati nei cuori dei fanciulli, curandone, attraverso l’istituzione dei seminari minori, un premuroso benché iniziale discernimento” (n° 63).
Ispirati da queste superiori motivazioni, non teniamo in vita il Seminario Minore, con tutto l’impegno che comporta in termini di persone e di denaro, solo perché l’abbiamo costruito con tanti sacrifici ed ereditato, bensì perché è una scelta che la Chiesa di Padova ha rinnovato dopo un’approfondita e anche sofferta verifica operata dagli organismi di partecipazione”.
Nelle parole autorevoli del papa e del nostro vescovo sono indicate con chiarezza alcune linee fondamentali: la riflessione operata in diocesi, in particolare nel momento del cambiamento della sede da Tencarola a Rubano (settembre 2002); il riconoscimento del valore ancora attuale del Seminario Minore nel nostro contesto ecclesiale; la cura dei germi di vocazione seminati nei cuori dei ragazzi e un iniziale discernimento vocazionale, quale particolare scopo del Seminario Minore.

2. seguendo un’altra indicazione della pastores dabo vobis, il Seminario Minore è diventato, nella nostra diocesi, anche un segno e un punto di riferimento per la pastorale vocazionale della preadolescenza e dell’adolescenza. Le attività di accoglienza e formazione proposte dal seminario hanno lo scopo di promuovere una cultura vocazionale nei ragazzi e nelle famiglie, incontrare e accompagnare i ragazzi più sensibili e attenti alla ricerca della vocazione, sostenere quelli che sono costretti, per diversi motivi, a procrastinare l’ingresso in seminario.

3. dal 1670, anno nel quale san Gregorio Barbarigo inaugurava il seminario, fino al 1922 tutti i seminaristi, dai più piccoli ai più grandi, erano alunni di un unico istituto. Il 5 novembre 1922 veniva inaugurato il Seminario Minore nella località “Barcon” del Comune di Sarcedo, presso Thiene, per gli alunni delle cinque classi ginnasiali (corrispondenti alle tre medie e al biennio ginnasiale di oggi). Nel vecchio Seminario di Padova, che divenne il “maggiore”, restarono le tre classi del liceo e la teologia. 
Nel 1954 le ultime due classi del Seminario Minore, cioè la IV e la V ginnasio, vennero trasferite in quello che era  il Collegio Vescovile di Thiene e si ebbero così tre seminari: il Seminario Minore per le medie al “Barcon”, il Seminario Minore per il ginnasio e il Seminario Maggiore per il liceo e la teologia.
Il 5 ottobre 1970 si apriva il nuovo Seminario Minore per le medie e il ginnasio a Tencarola.
anche il liceo, a mano a mano che gli alunni vi passavano dal ginnasio, fu accolto nello stesso seminario. Dal 1974 il maggiore si ridusse alle sole classi di teologia. 
Negli anni di Tencarola,  il Seminario Minore conobbe un profondo processo di riforma e aggiornamento, secondo le indicazioni del concilio. In particolare si avviò una collaborazione sempre più stretta con le famiglie e le parrocchie dei seminaristi, si riformarono la disciplina e le regole in armonia con le norme della moderna pedagogia. Venne favorito il contatto dei seminaristi  con il mondo esterno e i mezzi della comunicazione, mentre la formazione spirituale, seguendo le indicazioni conciliari,  trovava sempre più  il suo centro nella persona vivente di gesù cristo e il suo alimento nella parola di dio e nell’eucaristia.
Tutto questo trovò la sua espressione nei lineamenti di vita per i seminaristi, pubblicati dagli educatori del Seminario Minore, con l’approvazione del vescovo Girolamo Bortignon, nell’epifania del 1974. Successivamente vennero pubblicati il  progetto educativo per i seminaristi delle medie (8 settembre 1996), del biennio (26 maggio 1997) e del triennio(12 aprile 1998): i cammini per le tre fasce di età vennero messi in progressione educativa, curando la gradualità della proposta.
A partire dall’anno 1996, accogliendo l’invito del papa Giovanni Paolo II a valorizzare il carisma femminile nella educazione dei seminaristi (esortazione apostolica pastores dabo vobis, 25 marzo 1992, 66), fanno parte dell’èquipe formativa anche alcune educatrici che collaborano con gli assistenti preti, in particolare nell’età della preadolescenza. 
Il 15  settembre 2002 il Seminario Minore passò a Rubano, in quello che era stato il Seminario Minore dei domenicani.
Anche in questi ultimi anni, gli educatori, sollecitati pure dalle famiglie, dalle parrocchie, dai gruppi ecclesiali e dai seminaristi stessi, hanno continuato il necessario adeguamento pedagogico e spirituale per rendere il seminario adatto all’età e allo sviluppo degli adolescenti. 

4. l’opera formativa del Seminario Minore è strettamente collegata con quella del Seminario Maggiore che ne rappresenta la naturale continuazione. Incontri periodici tra educatori dei due seminari assicurano la necessaria collaborazione. Soprattutto nel triennio delle superiori, il cammino formativo dei seminaristi tiene conto delle esigenze del Seminario Maggiore, in particolare per quanto riguarda la formazione spirituale e culturale.
Alla fine del cammino del Seminario Minore, il rettore presenta al maggiore i candidati idonei a iniziare la formazione presbiterale.

5. in questo processo di rinnovamento è stata coinvolta anche la scuola del seminario.
Fino a qualche anno fa, tutti i seminaristi delle superiori frequentavano il liceo classico del seminario. Poi, dopo ampio dibattito e con l’approvazione del vescovo, si decise di dare la possibilità di frequentare altre scuole a quei seminaristi che, a giudizio del consiglio di classe, fossero più portati per altri indirizzi.
il 21 dicembre 2003 il vescovo decise, d’accordo con i responsabili del seminario, che, a partire dall’anno 2004-2005 i seminaristi frequentassero il Colegio Vescovile Barbarigo o l’ istituto Maria Ausiliatrice di Padova.
In fine, nell’ anno 2010-2011 il seminario ha deciso di consentire ai seminaristi di frequentare anche altre scuole della città in accordo con il rettore. Nell’anno di III media i seminaristi sono invitati e aiutati anzitutto a compiere con disponibilità e generosità la  scelta vocazionale che rimane per loro primaria e fondamentale.
Coloro che decidono di proseguire il cammino del seminario vengono orientati a una delle scuole scelte dal seminario, tenendo conto degli interessi e delle capacità di ciascuno, del giudizio rispettivo degli insegnanti, del parere dei genitori e dell’ alunno. 
La decisione ultima spetta al rettore, in dialogo con il seminarista e con la famiglia.